Сейчас заметил, что если клонировать штатными средствами Virtual Machine Manager (через libvirt) виртуалку с диском на сжатом qcow2, то оно долго думает и выдает значительно меньшую копию:

$ ls -lah
-rw-r--r-- 1 root         root 3,9G нояб.  3 20:46 python3-clone.qcow2
-rw-r--r-- 1 root         root 5,6G нояб.  3 20:17 python3.qcow2

Судя по времени, оно разворачивает в RAW-image и потом обратно упаковывает.
Как результат - нехилая дефрагментация.
Qcow2 нужно дефрагментировать.